Ədəbiyyatın komplektləşdirilməsi şöbəsi. 

Bu şöbə kitabxanaya daxil olan nəşrlərin, eləcə də başqa informasiya daşıyıcılarının toplanması, qeydiyyatdan keçirilməsi, inventar kitabına daxil edilməsi, texniki işlənməsi, bəzi nəşrlərin başqa kitabxanalara hədiyyə verilməsi ilə bağlı əsəbiyyatın aktlaşdırılması, tematik-tipoloji planın tərtib edilməsi, həmin plan üzrə ədəbiyyatın sifariş verilməsi və alınması, müxtəlif kitab mağazaları, mətbuat şirkətləri ilə əlaqələrin yaradılması ilə məşğul olur.

Elmi kitabişləmə və kataloqlaşdırma şöbəsi. 

Bu şöbə əlifba kataloqu və sistemli kataloq bolmələrindən ibarətdir. Əlifba kataloqu alınmış nəşrlərin təsvirlərinin indeksasiyası, əlifba kataloqunda düzülməsi, həmin kataloqin müntəzəm redaktə olunması, həmin kataloq üzrə oxuculara xidmət işinin təşkili və həyata keçirilməsindən ibarətdir. Sistemli kataloq bölmasi ədəbiyyat (kitablar, avtoroferatlar, jurnal və elmi topluların məqalələri, elektron informasiya daşıyıcıları və s.) tasvirlarinin KBT və UOT üzrə təsvir edilməsi, sistemli kataloqa düzülmasi, sistemli kataloqun müntəzəm olaraq redaktə olunmasını həyata keçirir, həmin kataloq üzrə oxuculara xidmət edilmasini təmin edir. Şöbanin hər bölməsi müntəzəm olaraq əlifba-predmet göstəricisinin zənginləşməsi ilə məşğul olur.

Kitabsaxlayıcı şöbə. 

Bu şöbə elmi və texniki işləmədən keçmiş ədəbiyyatın toplanması, müxafizəsi, sifarişlər üzrə ədəbiyyatın oxuculara çatdırılması, fondun daima işlək vəziyyətdə olması, orada lazımi fiziki şəraitin yaradılması ilə məşğul olur. Kitabsaxlayıcı şöbə depozitar bölməsindən ibarətdir. Bu bölmənin funksiyası artiq depozitara verilmiş ədəbiyyatın mühafizəsi və oxucuların ondan istifadəsinin təşkilindən ibarətdir.

Kitabxanalararası abonement şöbəsi. 

Bu şöbə ölkəmizdə olan tibb kitabxanaları və başqa iri miuqyaslı kitabxanalar ilə əlaqələrin yaradılması, onlarla qarşılıqlı şəkildə oxuculara xidmət işinin təşkil edilməsindən ibərətdir. 

Xidmət şöbəsi. 

Kitabxanada xidmət yalniz oxu zalları vasitəsilə həyata keçirilir. Şöbə oxuculardan sifarişlərin toplanması, onların yoxlanması, kitabsaxlayıcıdan alınmış ədəbiyyatın oxucuya çatdırılması, digər xidmət formalarının (müxtəlif sərgilər, informasiya günləri, mütəxəssis günləri və s.) təşkili, rədd cəvablarının təhlili, oxucu anketlərinin təşkili və təhlili kimi məsələlərdə məşğul olur. Bundan əlavə fəal fondun təşkili, düzülüsü və bu fond vasitəsilə oxuculara xidmət işi də bu şöbənin funksiyalarına daxildir.

Biblioqrafiya şöbəsi. 

Kitabxanaya daxil olan nəşrlərin təsvir edilməsi, müxtəlif oxucu sorğuları üzrə biblioqrafik arayışların (şifahi, yazılı, faktoqrafik) tərtibi, müxtəlif səpgili biblioqrafik göstəricilərin (yeni daxil olan ədəbiyyat, mövzu, şəxsi, əlamətdar günlər və s.) tərtibi ilə məşğul olur. Şöbənin daxilinda ölkəşünasliq bölməsi fəaliyyət göstərir. Bölmə kitabxanaya daxil olan respublikamizda çıxan nəşrlərin (kitablar, avtoreferatlar, qəzet, jurnal və elmi toplular məqalələri və s.) təsviri, KBT üzrə indeksasiyası, ölkəşünaslıq sistemli və əlifba katakoquna daxil olunmasını təmin edir. Ölkəşünaslıq sistemli və əlifba kataloqlari dil baxımindan iki yerə ayrılmışdır: rus və azərbaycan dilləri. Bölmənin üzərinə düşən bir vəzifə müntəzəm olaraq həmin fataloqun redaktə olunması və bu kataloq üzrə oxuculara xidmət göstərməsindən ibarətdir.

Elmi-metodik şöbə. 

Bu şöbə ilk növbədə tibb kitabxanaları şəbəkəsinə daxil olan kitabxanalarla iş aparır. Müntəzəm olaraq Bakida yerləşən tibb kitabxanalarının kitabxanaçıları ilə seminarlar, müxtəlif məsələlərə həsr olunmuş treyninqlər keçirir, yerlərə gedib orada onların işə ilə tanış olur və köməklik göstərir. Regionlarda olan kitabxanalara isə ildə bir dəfə ezamiyyət səfərləri təşkil olunur. Səfər zamanı mərkəzi rayon və şəhər xəstəxanalarının, tibb məktəblərinin kitabxanaları, taunəleyhinə stansiyaların kitabxanaları ilə tanış olur, onlara metodiki vəsaitlərin hazırlanması, kitabxanada gedən proseslərlə əlaqədar olaraq metodik işləmələrin hazırlanması ilə də məşğul olur.

Xarici ədəbiyyat şöbəsi.

Şöbə kitabxanaya daxil olan xarici dilli nəşrlərin (kitab, jurnal, elmi toplu, avtoreferat, elektron informasiya daşıcıyıları və s.) komplektləşdirilməsi, texniki və elmi işlənməsi, şöbənin əlifba və sistemli kataloqunun və kartotekasının təşkili və redaktə olunması, xarici ədəbiyyatdan ibarət kitabsaxlatıcının müxafizəsi və oxucuların fonddan istifadəsinin təşkili ilə məşğul olur. Şəbə həmçinin Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatının materiallarının toplanması, onların işlənməsi və mühafizəsinə də nəzarət edir, lazim gəldikdə bu materialların filial kitabxanalarına göndərilməsi ilə məşğul olur.